对于复杂疾病定位克隆的研究在早期主要是模仿单基因疾病研究模式,采用连锁分析的方法,它利用家系遗传信息中的重组率来计算出两基因间的染色体图距。
主要包括传统的参数Lods法和非参数的受累同胞对、受累家系成员分析以及在其基础上发展起来的其它方法。这种方法较适用于已知遗传方式的单基因遗传病的基因定位,在过去的25年中,发现了超过1300个显性和隐性单基因疾病的致病基因。
2001年,对16个同患SLE及白癜风的欧美家系(SL白癜风食疗偏方E患者41例,白癜风患者20例,同患SLE及白癜风者14例)进行了全基因组扫描分析,发现在1713的D17S974~D17S1298标记之间存在与白癜风相关的SLE连锁信号,并将其定义为SLEV1。SLEV1区间长度约为23cM,包括R13、WHN、SLC2A4、MGI及T细胞免疫缺陷基因等。
由于研究对象为家族中同时发生SLE及白癜风患者,因此该位点可能同时与SLE和白癜风有关。2002年,对同患桥本甲状腺炎及白癜风的一个家系(共24个成员,其中6人单独患有白癜风,2人单独患有桥本甲状腺炎,7人同时患有上述两种疾病)进行全基因组扫描研究,发现在显性模式下,位于1p31.2-p32.3 (AIS1) 约90cM的区间与白癜风有效连锁。作者随后通过精确定位将AIS1缩小到DIS2742-DIS515间约14.4 cM区间。